О жизни Вермера известно очень немногое. Он родился (по крайней мере был крещён) 31 октября 1632 года в Делфте, в семье предпринимателя-торговца. Ян был вторым ребёнком в семье и единственным сыном своих родителей. Его отец был родом из Антверпена, в 1611 г. переехал в Амстердам и работал ткачом по шёлку. В 1615 г. он женился, переехал в Делфт и стал хозяином постоялого двора. Он продолжал заниматься шелкоткачеством, а также был зарегистрирован в делфтской гильдии Святого Луки в качестве торговца предметами искусства.
О годах ученичества Вермера не сохранилось достоверной информации. Известно, что 29 декабря 1653 г. Ян Вермер был принят в гильдию Святого Луки. По условиям гильдии членство в ней предваряли шесть лет серьёзного обучения живописи у мастера, состоявшего в гильдии. Ян Вермер был знаком с художниками Леонартом Брамером и Герардом тер Борхом. На основании этого факта строились предположения о том, что Вермер возможно состоял в обучении у одного из них. Кроме этого чрезвычайно распространена, но не имеет подтверждений гипотеза о том, что учителем Вермера был художник Карел Фабрициус, в свою очередь ученик Рембрандта. Безусловно огромное влияние на творчество Вермера оказал голландский мастер жанровой живописи Питер де Хоох, проживавший в Делфте с 1652 по 1661 гг. Его стиль нашёл дальнейшее развитие в полотнах Вермера.
 Семья и работа
20 апреля 1653 г. Ян Вермер женился на Катарине Болнес из деревни в окрестностях Делфта. Кальвинистское вероисповедание первоначально вызывало недовольство в католической семье Болнес. Лишь после увещеваний католика Брамера будущая тёща Вермера дала согласие на брак дочери.
В 1660 г. Вермер вместе с женой переехал жить в дом тёщи. У Вермера было 15 детей, четверо из которых умерли в раннем возрасте. Очевидно, что материальное положение художника было очень неплохим, раз он мог без проблем прокормить своих детей. Известно, что Вермер писал в год лишь по две картины, поэтому у него были и другие источники дохода. Он помогал своей матери управлять трактиром «Мехелен» на главном рынке Делфта, доставшимся ей в наследство после смерти мужа. Предполагается, что в этом заведении Вермер мог вести обычную для голландских художников того времени торговлю предметами искусства. В 1662-63 и 1670-71 гг. Вермер занимал должность декана гильдии св. Луки и соответственно руководил ею. В XVII в. любой ремесленник и художник состоял в соответствующей гильдии, регламентировавшей деятельность представителей профессии. Должность декана гильдии художников была очень почётной и говорит об авторитете Яна Вермера в Делфте.
Ещё при жизни художника за картины Яна Вермера платили очень хорошие деньги. В основном Вермер писал для своих заказчиков-меценатов. Главными покровителями художника и почитателями его творчества были пекарь Хендрик ван Буйтен и хозяин печатной мастерской Якоб Диссиус, в коллекции которого согласно инвентарному перечню 1682 г. находилось 19 картин Вермера. Остаётся неизвестным, писал ли Вермер под конкретные заказы меценатов или они просто получали право преимущественной покупки готовых произведений мастера. Вермер был известным экспертом по вопросам искусства. Так, например, он был в числе экспертов, которым доверили установить подлинность коллекции венецианских и римских полотен, предложенных курфюрсту Бранденбурга Фридриху Вильгельму I за 30 тысяч гульденов. В 1672 г. Вермер ездил в Гаагу, где давал заключение о стоимости картин вместе с другим художником Якобом Йордансом. В присутствии нотариуса
он опроверг подлинность коллекции и заявил, что в действительности коллекция стоит не более одной десятой от запрашиваемой цены.
Последние годы жизни
К концу жизни экономическое положение художника значительно ухудшилось, и он был вынужден брать кредиты. В результате начавшейся в 1672 г. и продолжавшейся до 1679 г. войны с Францией замерла торговля живописью. В своём ходатайстве о частичном списании долгов, датированном 30 апреля 1676 г., супруга Вермера поясняла, что во время войны её муж был вынужден продавать картины по заниженной цене. В 1675 г. Вермер заболел и умер спустя несколько дней. 15 января 1675 г. Ян Вермер был похоронен в фамильном склепе в церкви Ауде Керк в Делфте. Его жена была вынуждена отказаться от наследства и передала его кредиторам.